Un garçon de 14 ans, Daimon Masaru, un street fighter invaincu, rencontre Agumon, qui s'est échappé à DATS, une organisation gouvernemental secret qui défend le monde humain contre l'invasion des digimons. Après s'ètre battu entre eux, les deux deviennent rapidement amis et par une série d'événements, vont devenir membres du DATS. Les coéquipiers de Masaru sont Norstein Touma, un génie de 14 ans, avec son partenaire Gaomon et Fujieda Yoshino agée de 18 ans qui a Raramon pour partenaire.
La routine des membres du DATS va se briser par la découverte d'un complot l'apparition de Mercurimon, un des dirigeants du Digital World et le garçon humain Ikuto, qui le sert avec l'assistanc de Falcomon, son partenaire. L'équipe DATS essaye de découvrir la raison de leur haine pour l'humanité, jusqu'à ce que l'énnemi réel, en la personne d'Akihiro Kurata, un scientifique qui a mené une attaque sur le Digital World avant que cela n'ait abouti à la mort de beaucoup de Digimon, y compris la mère adoptive d'Ikuto, Frigimon.
Kurata a compté sur l'appui des hommes d'affaires gouvernementaux et dimportants hommes d'affaire japonais comme le père de Tooma sur son plan de détruire tous les digimons dans le Digital World, prétendant qu'ils sont une menace pour l'humanité. Mais c'était une façade masquant son objectif principal. Il exploite l'énergie des digimons qu'il a détruit pour augmenter les pouvoirs de Belphemon, un des sept Demon Lord et l'utilise dans sa tentative de gouverner le monde humain, mais ses ambitions ont été annéantie par les efforts de Masaru et ses alliés.
Le dernier acte de Kurata déclencha une bombe qui fit s'effondrée la frontière entre le monde humain et le Digital World, mettant tous les deux en route de collision, ce qui peut mener à la destruction des deux mondes. La collision a été interrompu par les efforts désespérés de BantyoLeomon qui a ordonné à Masaru de chercher Yggdrasil, le dieu du Digital World. Quand l'équipe du DATS a finalement rencontré Yggdrasil, ils ont découvert qu'il voulait protéger le Digital World en détruisant le monde humain, car les deux mondes ne pouvaient pas coexister dans la même dimension. Pour exécuter cette tâche, il a assemblé sa garde d'élite, les Royals Knights.
Masaru a été troublé d'abord parce qu'Yggdrasil avait d'une façon ou d'une autre, prit l'apparence de son père, le docteur Daimon, qui a disparu des années auparavant au Digital World. Mais ils ont découvert qu'Yggdrasil avait prit le corps de son père et son âme a été préservée par BantyoLeomon, qui a révélé être le partenaire du Dr.Daimon. Après la défaite de certains des Royal Knights, l'équipe DATS a décidé d'attaquer Yggdrasil lui-même, qui après avoir libéré le corps de Daimon senior, s'est transformé en une forme toute-puissante, bien décidée à détruire le monde humain.
Cependant, même quand les derniers Royal Knights se rebellèrent contre Yggdrasil, il ne renonca pas à son but, essayant de détruire les deux mondes et en créer un nouveau. En utilisant leurs émotions, Masaru et Agumon détruisent finalement Yggdrasil et les deux mondes cessèrent leur collision. Avant la disparition, Yggdrasil rendit au père de Masaru à la vie et il retourna dans sa famille, mais son partenaire décida de retourner au Digital pour aider les reconstructions et Masaru descida de partir avec eux.
